某度上别人写的分子模拟方法千千万，但是我的这个绝对是针对0基础的盆友们，而且依靠这个方法也是完成了我的第一篇水文，更是在后面对蛋白结构功能分析的工作中起到了重要的作用，我会努力为大家写一个系统且全面的教程，我做的都是蛋白，所以该教材只能帮助到做蛋白的同学，当然也欢迎其他领域的盆友围观交流。
如果一个推送内容写得太多会容易看不下去，既短又精是最好，所以这个教程我决定分几次写完，循序渐进，进入正题：
盆友们，“21世纪的科学已经不再是实验与理论平分秋色，而是实验、模拟、理论三分天下，模拟是联系理论与实验的纽带，在解释实验现象，预测理论结果中起着关键作用，对于研究分子的学科，无论从事哪个领域的研究，理解并实践分子模拟都够增强你对新问题的分析力和洞察力”【摘自李继存老师的博客： 】。
分子动力学模拟是分子模拟中最接近实验条件的模拟方法，能够从原子层面给出体系的微观演变过程，直观的展示实验现象发生的机理与规律，促使我们的研究向着更高效，更经济，更有预见性的方向发展，因此，分子动力学模拟在生物，药学，化学，材料科学的研究中发挥着越来越重要的作用，所以说他是一个非常值得去学习和采纳的一项研究方法。
推荐该方法的理由还有以下三点：
1. 容易掌握，我从0基础用了大概两个月就可以应用到自己的研究；
2. 应用范围广;
3. 方法成熟；
原理？
蛋白质折叠的因素有很多，主要有以下六种作用力：
这些作用力统称为力场，是模拟中使用的蛋白质的势能模型，计算机模拟就是利用力场能量重复求解蛋白质分子和溶剂分子中原子的牛顿运动方程，构象在模拟中就会发生改变，根据热力学定律，系统往往会趋向于其自由能最低的状态，也就是最稳定的状态。
可以解决什么问题？
1.比较野生型与突变体蛋白的蛋白特性；
2.配体-受体结合的机制，我们可以把配体放在受体上面，模拟自然状态下两者的结合；
3.随着脂质力场的发展，我们还可以研究蛋白与膜的作用（脂质力场）；
4.蛋白折叠方面的机制问题，控制温度，使蛋白自行折叠和去折叠；
如何上手？
只需一台电脑，轻松掌握分子模拟，安装双系统，我装的是Ubuntu。作为一个电脑小白，我觉得这个Linux系统除了多了一个终端，其它的和windows没什么差别，可以在网上找安装教程或找同学帮忙，我是看教程安装的，然后再装动力学软件，我比较熟悉的是amber和gromacs，这里对于初学者推荐gromacs ，最后就可以到网上找教程了，用教程中的例子练手，gromacs官网上的教程非常多，步骤也非常详细，而且李继存老师把它所有英文版的教程都翻译成了中文，非常方便。
大家不用担心，后续我会详细介绍这些软件安装使用等方法，该篇推送只是为了向大家介绍一下这个方法的研究背景等。
如何应用到自己的研究中？
首先要明确自己想解决什么问题，不要盲目去做，查文献，看是否有人做过类似的研究，学习和参照前人的经验和分析方法，然后设计自己的实验，就可以开始做了。最后就是将模拟的结果与理论和实验结果吻合，分析结果。
以上就是关于动力学模拟方法的背景介绍，下一篇将介绍软件安装。
前阵子自学了两周组学，本想写个推送与大家分享，但是一想，我在这方面还是小白，写出来的东西也不精炼，因此放弃了这个念头，也会纠结这样写推送是否浪费时间，但其实在这个过程也是自我回顾整理的过程，就像给别人讲题，对自己也是个锻炼。
从零基础开始自学这个方法的过程既艰难又快乐，得到了很多人的帮助，特别感谢清华的一位师兄对我问题不厌其烦的讲解，李继存老师翻译的中文版gromacs教程，以及很多不知名网友的无私分享。
正如KK大叔所言，这是个信息以“流”的形式存在着的时代，我们每天会看很多条微博，刷很多条朋友圈，翻阅无数个网页，在这个信息浪潮中，我们爱上了分享，晒自己的生活，这是好事，起码为我们学习提供了遍历，如果要想学某项技能，只需在网上搜搜其他人的经验分享即可，当然也有残酷的一面，就像我的这条推送可能会在第二天或仅仅半个小时后就会被其它的推送顶掉，在大家的视野里消失，但是没关系，起码看这个推送的人知道这条推送的存在，我也很荣幸见证了这个时代，并成为了信息流中的一部分。
标签：入门,动力学,模拟
